哈尔滨海关技术中心成立于1999年，前身为黑龙江出入境检验检疫局检验检疫技术中心。2019年6月，正式更名为哈尔滨海关技术中心，为哈尔滨海关直属事业单位。中心现有在编人员67名，合同制人员170名。其中博士5人、硕士28人、92%为大学本科以上学历。中心现有研究员9人，副高级18人，专业技术人员占比超过85%，梯队合理，经验丰富，是黑龙江省最早从事食品化妆品社会委托服务的专业检测机构之一，也是黑龙江省在食品领域检测范围最广、综合实力最强、承担业务最多的检测机构之一。技术中心本部实验室面积为1.4万㎡，2017年投入使用，交通便利，设施齐全。

哈外8个综合实验室总面积超过1.2万㎡,检测能力在所在地区首屈一指。中心内设机构共有15个，包括综合部、财务部、质量技术部、业务部、市场部、理化部(下设食品检测室、环境检测室、化矿金属材料检测室)、生物部(下设动物检疫实验室、植物检疫实验室、微生物检测实验室、转基因检测实验室)，哈外实验室包括大庆一漠河石油检测实验室、鹤岗煤炭和石墨烯检测实验室、齐齐哈尔综合实验室、东宁综合实验室、佳木斯综合实验室、牡丹江综合实验室、同江综合实验室、虎林综合实验室。

技术中心现有海关总署规划国家检测重点实验室5个，分别是国家有机食品检测重点实验室(黑龙江)、国家动物遗传物质检测重点实验室(黑龙江)、国家马铃薯病毒检测重点实验室(黑龙江)、国家煤焦炭和石墨检测重点实验室(鹤岗)、国家石油检测重点实验室(大庆)。另有海关总署批复设立的区域性中心实验室13个，在把守国门和服务地方经济社会发展上，发挥了积极的作用。